Lleva 54 entradas/salidas digitales y 14 de estas pueden utilizarse para salidas PWM. Además lleva 16 entradas analógicas, UARTs (puerto serie), un oscilador de 16MHz, una conexión USB, un conector de alimentación, un header ICSP y un pulsador para el reset. La placa lleva todo lo necesario para soportar el microprocesador. Para empezar a utilizar la placa sólo es necesario conectarla al ordenador a través de un cable USB, o alimentarla con un adaptador de corriente AC/DC. También, para empezar, puede alimentarse sencillamente con una batería.

Una de las características principales de la MEGA 2560 es que no utiliza el convertidor USB-serial FTDI, sino que utiliza el microprocesador Atmega8U2 programado como convertidor USB-serial.

La placa Arduino MEGA2560 es compatible con la mayoría de los shield soportados por las placas Duemilanove y UNO.